Կոլոնոսկոպիայի ժամանակ կարող է լինել փքվածություն կամ ճնշման զգացողություն։ Շատ դեպքերում հետազոտությունը կատարվում է սեդացիայով կամ ցավի վերահսկմամբ, ինչի մասին պետք է խոսել բժշկի հետ։